機動戦士ガンダムSEED FREEDOM ZERO

デュランダルが提唱した、遺伝子によって人の運命を定める「デスティニープラン」の崩壊後新たな平和秩序の実現に向けて、オーブ連合首長国代表・カガリを中心に、世界平和監視機構「コンパス」の創設が進められていた。

C.E.74。大きな戦いを終えた世界で、シンは自らが進むべき道を見出せずにいた。

そんな折、ザフトからオノゴロ島のコンパス暫定基地へ、かつての戦場を戦い抜いたモビルスーツが移送される。

しかしその夜、「ストライクフリーダムガンダム」が何者かによって強奪されてしまう。

事件の拡大を阻止し、奪われた機体を取り戻すため、そして守るべきもののためシンたちは再び戦いへと身を投じていく――。