サクラ大戦 ル・ヌーヴォー・巴里

一夜限りのサーカス花火とコクリコは夜のパトロールをしていた所を花火の父に見つかってしまう。なんとかしてごまかそうと花火とコクリコは巴里華撃団というサーカスに所属していると話してしまう。父を納得させるため花組によるサーカスを開催したところ会場に怪人が現れる。

シャノワールで預かっていた英国貴族の家宝を盗まれてしまう。警察による強制捜査だけは避けたいメルとシーは事件解決のため怪しい男を追跡を開始する。

雷の尖塔帰国した大神からの一通の手紙により隊長問題で紛糾する巴里花組隊員達。そんな時、闇の力によりエッフェル塔が恐るべき怪物と化し街を破壊し始める。