人類ファントム化計画発動！ジェレミーを追い詰めろ！

ジェレミーの罠にハマり、ミッションを失敗してしまった颯也たちに、40体のハンターが襲いかかる。

ジェレミーの目的は、ハルの優れた脳内データをスーパーコンピューターのダビンチ・レオ9000にコピーし、ファントムを大量生産することと、デュポンの脳内データをコピーして、ファントムに変身した際に生じる副作用を治し、完全なるファントムを作り出すことだ。

昏睡状態のハルからメッセージを受け取った颯也たちは、ジェレミーに捕らえられているハルとデュポンを救い出すため、ジェレミーの研究所があると思われるシテ島を目指す。しかし、40体となったハンターがパリのあちらこちらにおり、颯也たち逃走者の行く手を阻む。ハンターにはまたしてもファントムの能力が付与されており、シテ島に近づくことは困難を極める。

さらにジェレミー自らがファントム・エルキュールとなり、颯也たちを妨害する。ファントム・エルキュールの放つ電撃によって、手練れの雪之丞までもが脱落する波乱の展開の中、なんとかシテ島へ辿り着いた颯也だったが、ファントム・エルキュールの強烈な攻撃を受けてしまい……！？